A harmadik évadban a Holnap legendái olyan új veszélyekkel néznek szembe, amelyeket saját maguk okoztak az előző évad végén. Azáltal, hogy visszatérnek az időben egy olyan pillanatra, amelyet egyszer már megéltek, alapvető törést és anakronizmust okoznak az időben. Csapatunknak meg kell találnia a módját annak, hogy miként hozzák rendbe az anakronizmusokat, mielőtt az idő folytonossága végleg felbomlik. De mielőtt legendáink akcióba kezdenének, Rip Hunter és az újonnan felállított Időhivatal megkérdőjelezi a módszereiket, és feloszlatja a bandát. A csapat az Időhivatal törvényességét kétségbe vonva felfogadja Zari Tomazt, egy hackert a jövőből, és folytatja kétes időutazásait, miközben meg vannak győződve róla, hogy a megkérdőjelezhető módszereik ellenére vannak olyan problémák, amelyeket a hivatal nem képes megoldani. Az ilyen problémákat csak a legendák képesek helyrehozni.